La Côte-aux-Fées est composée d'un certain nombre de hameaux, portant les noms des familles (Bolle, Leuba, Jeannet, Bourquin par exemple) qui y résidaient autrefois.

Cette région est inhabitée jusqu'au XIVe siècle environ. Le premier acte mentionnant La Côte-aux-Fées date de 1337. Il s'agit d'une lettre du comte Thiebault mentionnant qu'il accordait permissions et privilèges à tous ceux qui auraient envie d'y venir habiter et de rendre le lieu profitable. 

En 1492, La Côte-aux-Fées est rattachée à la Mairie des Verrières.  Dès 1547, elle peut faire seigneurerie à part et le 9 juin 1551 s'accomplit la délimitation de territoires entre Les Verrières et La Côte-aux-Fées.

Dès 1735, le village se développe au niveau économique. L'agriculture et l'horlogerie apportent aisance et progrès social. Enfin, le 27 novembre 1826, par acte du Conseil d'Etat, 160 après la première demande d'indépendance, La Côte-aux-Fées devient une commune à part entière.

            ^{Inauguration du Temple, le 25 avril  1875}